open_pub/Uni-Lab-OS
1
0
Fork 0
mirror of https://github.com/deepmodeling/Uni-Lab-OS synced 2026-04-25 22:19:59 +00:00
Code Issues Packages Projects Releases Wiki Activity

update workbench example

Browse Source 
update aksk desc

print res query logs

Fix skills exec error with action type

Update Skills

Update Skills addr

Change uni-lab. to leap-lab.
Support unit in pylabrobot

Support async func.

change to leap-lab backend. Support feedback interval. Reduce cocurrent lags.

fix create_resource_with_slot

update unilabos_formulation & batch-submit-exp

scale multi exec thread up to 48

update handle creation api

fit cocurrent gap

add running status debounce

allow non @topic_config support

update skill

add placeholder keys

always free

提交实验技能

disable samples

correct sample demo ret value

新增试剂reagent

update registry

新增manual_confirm

add workstation creation skill

add virtual_sample_demo 样品追踪测试设备

add external devices param
fix registry upload missing type

fast registry load

minor fix on skill & registry

stripe ros2 schema desc
add create-device-skill

new registry system backwards to yaml

remove not exist resource

new registry sys
exp. support with add device

correct raise create resource error

ret info fix revert

ret info fix

fix prcxi check

add create_resource schema

re signal host ready event

add websocket connection timeout and improve reconnection logic

add open_timeout parameter to websocket connection
add TimeoutError and InvalidStatus exception handling
implement exponential backoff for reconnection attempts
simplify reconnection logic flow
This commit is contained in:
Xuwznln
2026-03-07 04:40:34 +08:00
parent c001f6a151
commit ccbf5378dd
58 changed files with 6818 additions and 489 deletions
Download Patch File Download Diff File Expand all files Collapse all files

261
.cursor/skills/batch-insert-reagent/SKILL.md Normal file
View File

@@ -0,0 +1,261 @@
---
name: batch-insert-reagent
description: Batch insert reagents into Uni-Lab platform — add chemicals with CAS, SMILES, supplier info. Use when the user wants to add reagents, insert chemicals, batch register reagents, or mentions 录入试剂/添加试剂/试剂入库/reagent.
---
# 批量录入试剂 Skill
通过云端 API 批量录入试剂信息，支持逐条或批量操作。
## 前置条件（缺一不可）
使用本 skill 前，**必须**先确认以下信息。如果缺少任何一项，**立即向用户询问并终止**，等补齐后再继续。
### 1. ak / sk → AUTH
询问用户的启动参数，从 `--ak` `--sk` 或 config.py 中获取。
生成 AUTH token（任选一种方式）：
```bash
# 方式一：Python 一行生成
python -c "import base64,sys; print('Authorization: Lab ' + base64.b64encode(f'{sys.argv[1]}:{sys.argv[2]}'.encode()).decode())" <ak> <sk>
# 方式二：手动计算
# base64(ak:sk) → Authorization: Lab <token>
```
### 2. --addr → BASE URL
| `--addr` 值 | BASE |
| ------------ | ----------------------------------- |
| `test` | `https://leap-lab.test.bohrium.com` |
| `uat` | `https://leap-lab.uat.bohrium.com` |
| `local` | `http://127.0.0.1:48197` |
| 不传（默认） | `https://leap-lab.bohrium.com` |
确认后设置：
```bash
BASE="<根据 addr 确定的 URL>"
AUTH="Authorization: Lab <gen_auth.py 输出的 token>"
```
**两项全部就绪后才可发起 API 请求。**
## Session State
- `lab_uuid` — 实验室 UUID（首次通过 API #1 自动获取，**不需要问用户**）
## 请求约定
所有请求使用 `curl -s`，POST 需加 `Content-Type: application/json`。
> **Windows 平台**必须使用 `curl.exe`（而非 PowerShell 的 `curl` 别名），示例中的 `curl` 均指 `curl.exe`。
---
## API Endpoints
### 1. 获取实验室信息（自动获取 lab_uuid）
```bash
curl -s -X GET "$BASE/api/v1/edge/lab/info" -H "$AUTH"
```
返回：
```json
{ "code": 0, "data": { "uuid": "xxx", "name": "实验室名称" } }
```
记住 `data.uuid` 为 `lab_uuid`。
### 2. 录入试剂
```bash
curl -s -X POST "$BASE/api/v1/lab/reagent" \
-H "$AUTH" -H "Content-Type: application/json" \
-d '{
"lab_uuid": "<lab_uuid>",
"cas": "<CAS号>",
"name": "<试剂名称>",
"molecular_formula": "<分子式>",
"smiles": "<SMILES>",
"stock_in_quantity": <入库数量>,
"unit": "<单位字符串>",
"supplier": "<供应商>",
"production_date": "<生产日期 ISO 8601>",
"expiry_date": "<过期日期 ISO 8601>"
}'
```
返回成功时包含试剂 UUID：
```json
{"code": 0, "data": {"uuid": "xxx", ...}}
```
---
## 试剂字段说明
| 字段 | 类型 | 必填 | 说明 | 示例 |
| ------------------- | ------ | ---- | ----------------------------- | ------------------------ |
| `lab_uuid` | string | 是 | 实验室 UUID（从 API #1 获取） | `"8511c672-..."` |
| `cas` | string | 是 | CAS 注册号 | `"7732-18-3"` |
| `name` | string | 是 | 试剂中文/英文名称 | `"水"` |
| `molecular_formula` | string | 是 | 分子式 | `"H2O"` |
| `smiles` | string | 是 | SMILES 表示 | `"O"` |
| `stock_in_quantity` | number | 是 | 入库数量 | `10` |
| `unit` | string | 是 | 单位（字符串，见下表） | `"mL"` |
| `supplier` | string | 否 | 供应商名称 | `"国药集团"` |
| `production_date` | string | 否 | 生产日期（ISO 8601） | `"2025-11-18T00:00:00Z"` |
| `expiry_date` | string | 否 | 过期日期（ISO 8601） | `"2026-11-18T00:00:00Z"` |
### unit 单位值
| 值 | 单位 |
| ------ | ---- |
| `"mL"` | 毫升 |
| `"L"` | 升 |
| `"g"` | 克 |
| `"kg"` | 千克 |
| `"瓶"` | 瓶 |
> 根据试剂状态选择：液体用 `"mL"` / `"L"`，固体用 `"g"` / `"kg"`。
---
## 批量录入策略
### 方式一：用户提供 JSON 数组
用户一次性给出多条试剂数据：
```json
[
{
"cas": "7732-18-3",
"name": "水",
"molecular_formula": "H2O",
"smiles": "O",
"stock_in_quantity": 10,
"unit": "mL"
},
{
"cas": "64-17-5",
"name": "乙醇",
"molecular_formula": "C2H6O",
"smiles": "CCO",
"stock_in_quantity": 5,
"unit": "L"
}
]
```
Agent 自动为每条补充 `lab_uuid`、`production_date`、`expiry_date` 等字段后逐条提交。
Agent 循环调用 API #2 逐条录入，每条记录一次 API 调用。
### 方式二：用户逐个描述
用户口头描述试剂（如「帮我录入 500mL 的无水乙醇，Sigma 的」），agent 自行补全字段：
1. 根据名称查找 CAS 号、分子式、SMILES（参考下方速查表或自行推断）
2. 构建完整的请求体
3. 向用户确认后提交
### 方式三：从 CSV/表格批量导入
用户提供 CSV 或表格文件路径，agent 读取并解析：
```bash
# 期望的 CSV 格式（首行为表头）
cas,name,molecular_formula,smiles,stock_in_quantity,unit,supplier,production_date,expiry_date
7732-18-3,水,H2O,O,10,mL,农夫山泉,2025-11-18T00:00:00Z,2026-11-18T00:00:00Z
```
### 日期格式规则（重要）
所有日期字段（`production_date`、`expiry_date`）**必须**使用 ISO 8601 完整格式：`YYYY-MM-DDTHH:MM:SSZ`。
- 用户输入 `2025-03-01` → 转换为 `"2025-03-01T00:00:00Z"`
- 用户输入 `2025/9/1` → 转换为 `"2025-09-01T00:00:00Z"`
- 用户未提供日期 → 使用当天日期 + `T00:00:00Z`，有效期默认 +1 年
**禁止**发送不带时间部分的日期字符串（如 `"2025-03-01"`），API 会拒绝。
### 执行与汇报
每次 API 调用后：
1. 检查返回 `code`（0 = 成功）
2. 记录成功/失败数量
3. 全部完成后汇总：「共录入 N 条试剂，成功 X 条，失败 Y 条」
4. 如有失败，列出失败的试剂名称和错误信息
---
## 常见试剂速查表
| 名称 | CAS | 分子式 | SMILES |
| --------------------- | --------- | ---------- | ------------------------------------ |
| 水 | 7732-18-3 | H2O | O |
| 乙醇 | 64-17-5 | C2H6O | CCO |
| 乙酸 | 64-19-7 | C2H4O2 | CC(O)=O |
| 甲醇 | 67-56-1 | CH4O | CO |
| 丙酮 | 67-64-1 | C3H6O | CC(C)=O |
| 二甲基亚砜(DMSO) | 67-68-5 | C2H6OS | CS(C)=O |
| 乙酸乙酯 | 141-78-6 | C4H8O2 | CCOC(C)=O |
| 二氯甲烷 | 75-09-2 | CH2Cl2 | ClCCl |
| 四氢呋喃(THF) | 109-99-9 | C4H8O | C1CCOC1 |
| N,N-二甲基甲酰胺(DMF) | 68-12-2 | C3H7NO | CN(C)C=O |
| 氯仿 | 67-66-3 | CHCl3 | ClC(Cl)Cl |
| 乙腈 | 75-05-8 | C2H3N | CC#N |
| 甲苯 | 108-88-3 | C7H8 | Cc1ccccc1 |
| 正己烷 | 110-54-3 | C6H14 | CCCCCC |
| 异丙醇 | 67-63-0 | C3H8O | CC(C)O |
| 盐酸 | 7647-01-0 | HCl | Cl |
| 硫酸 | 7664-93-9 | H2SO4 | OS(O)(=O)=O |
| 氢氧化钠 | 1310-73-2 | NaOH | [Na]O |
| 碳酸钠 | 497-19-8 | Na2CO3 | [Na]OC([O-])=O.[Na+] |
| 氯化钠 | 7647-14-5 | NaCl | [Na]Cl |
| 乙二胺四乙酸(EDTA) | 60-00-4 | C10H16N2O8 | OC(=O)CN(CCN(CC(O)=O)CC(O)=O)CC(O)=O |
> 此表仅供快速参考。对于不在表中的试剂，agent 应根据化学知识推断或提示用户补充。
---
## 完整工作流 Checklist
```
Task Progress:
- [ ] Step 1: 确认 ak/sk → 生成 AUTH token
- [ ] Step 2: 确认 --addr → 设置 BASE URL
- [ ] Step 3: GET /edge/lab/info → 获取 lab_uuid
- [ ] Step 4: 收集试剂信息（用户提供列表/逐个描述/CSV文件）
- [ ] Step 5: 补全缺失字段（CAS、分子式、SMILES 等）
- [ ] Step 6: 向用户确认待录入的试剂列表
- [ ] Step 7: 循环调用 POST /lab/reagent 逐条录入（每条需含 lab_uuid）
- [ ] Step 8: 汇总结果（成功/失败数量及详情）
```
---
## 完整示例
用户说：「帮我录入 3 种试剂：500mL 无水乙醇、1kg 氯化钠、2L 去离子水」
Agent 构建的请求序列：
```json
// 第 1 条
{"lab_uuid": "8511c672-...", "cas": "64-17-5", "name": "无水乙醇", "molecular_formula": "C2H6O", "smiles": "CCO", "stock_in_quantity": 500, "unit": "mL", "supplier": "国药集团", "production_date": "2025-01-01T00:00:00Z", "expiry_date": "2026-01-01T00:00:00Z"}
// 第 2 条
{"lab_uuid": "8511c672-...", "cas": "7647-14-5", "name": "氯化钠", "molecular_formula": "NaCl", "smiles": "[Na]Cl", "stock_in_quantity": 1, "unit": "kg", "supplier": "", "production_date": "2025-01-01T00:00:00Z", "expiry_date": "2026-01-01T00:00:00Z"}
// 第 3 条
{"lab_uuid": "8511c672-...", "cas": "7732-18-3", "name": "去离子水", "molecular_formula": "H2O", "smiles": "O", "stock_in_quantity": 2, "unit": "L", "supplier": "", "production_date": "2025-01-01T00:00:00Z", "expiry_date": "2026-01-01T00:00:00Z"}
```